Suksesi raja Demak ketiga tidak berlangsung mulus, terjadi persaingan panas antara P. Surowiyoto (Pangeran Sekar) dan Trenggana yang berlanjut dengan di bunuhnya P. Surowiyoto oleh Sunan Prawoto (anak Trenggana), peristiwa ini terjadi di tepi sungai saat Surowiyoto pulang dari Masjid sehabis Solat Jumaat. Sejak peristiwa itu Surowiyoto (Sekar) dikenal dengan sebutan Sekar Sedo Lepen yang artinya sekar gugur di sungai. Pada tahun 1546 Trenggana wafat dan tampuk kekuasaan dipegang oleh Sunan Prawoto, anak Trenggana, sebagai raja Demak keempat, akan tetapi pada tahun 1547 Sunan Prawoto dan isterinya dibunuh oleh pengikut P. Arya Penangsang, putra Pangeran Surowiyoto (Sekar). P. Arya Penangsang kemudian menjadi penguasa takhta Demak sebagai raja Demak kelima. Pengikut Arya Penangsang juga membunuh Pangeran Hadiri,penguasa Jepara / Kalinyamat (Suami Ratu Kalinyamat). Hal ini menyebabkan adipati-adipati di bawah Demak memusuhi P. Arya Penangsang, salah satunya adalah Adipati Pajang Jaka Tingkir (Hadiwijaya).

Pada tahun 1554 terjadilah pemberontakan dilakukan oleh Adipati Pajang Jaka Tingkir (Hadiwijaya) untuk merebut kekuasaan Demak dari Arya Penangsang. Dalam peristiwa ini Arya Penangsang dibunuh oleh Sutawijaya, anak angkat Jaka Tingkir. Dengan terbunuhnya Arya Penangsang sebagai raja Demak kelima, maka berakhirlah era Kesultanan Demak. Jaka Tingkir (Hadiwijaya) memindahkan pusat pemerintahan ke Pajang dan mendirikan Kerajaan Pajang.